Le réseau Natura 2000 a pour objectif de préserver, maintenir ou rétablir une diversité des habitats et des espèces désignées comme d’intérêt communautaire sur l’ensemble du territoire européen, tout en tenant compte, au stade de la gestion des sites, des exigences économiques, sociales et culturelles et des activités indispensables au développement des territoires.

Sur la commune de Saint André de Roquepertuis, trois périmètres de protection sont dans ce cadre : « forêt de Valbonne », « La Cèze et ses Gorges » et « Garrigues de Lussan ».

La zone spéciale de conservation (ZSC) « Forêt de Valbonne » créée au titre de la Directive Européenne Habitat-Faune-Flore pour figurer dans le réseau Natura 2000 sous le n° de code F9101398. Ce site de 5091 hectares  concerne 215.7 hectares sur la commune englobant essentiellement l’ensemble du secteur du Bois des Verdières.

Le site d’intérêt communautaire « La Cèze et ses Gorges » créé  au titre de la Directive Européenne Habitat-Faune-Flore pour figurer dans le réseau Natura 2000 sous le n° de code F9101399. Sur ce site de 3544 hectares, 40.7 hectares concernent la commune. Le site englobe les gorges de la Cèze avec la ripisylve et les boisements qui longent la Cèze,  ses formations rocheuses et ses méandres à l’aval de Saint André jusqu’au confluent avec le Rhône au niveau de la commune de Codolet. Ce site assure la jonction entre le Rhône, les hautes vallées de la Cèze et du Luech et permettre ainsi la remontée des poissons migrateurs déjà présents dans la partie haute du Luech.

La zone de protection spéciale « Garrigues de Lussan » créée  au titre de la Directive Européenne Habitat-Faune-Flore pour figurer dans le réseau Natura 2000 sous le n° de code F9112033. Ce site de 29 040 hectares en concerne 636.50 sur la commune englobant essentiellement l’ensemble du territoire communal en rive droite de la Cèze et la partie cultivée entre la rivière et la route départementale n°980.